育種部

　育種とは、生物を遺伝的に改良することであり、一般的な用語としての品種改良もこれに含まれます。育種部では、我が国の養殖業において重要な水産生物を対象に、産業的に、より好ましい特徴（成長が速い、病気に強い、少ない餌で育つ等）を持つ系統の作出（育種）を目的として研究開発を行っています。現在の代表的な選抜育種技術である「ゲノム選抜（ゲノミックセレクション）」の研究開発、作出した系統の維持管理に必要な基盤技術開発、さらに遺伝資源の保存事業も行っています。

育種部は、育種基盤グループ、系統開発グループ、ブリ育種グループ、ハタ類育種グループで構成されています。

育種基盤グループ

　主にサケ・マス類などを対象に、成長が速い、病気に強いなどといった優良な形質を持つ系統を作出するため、DNA（ゲノム）情報を用いた選抜育種に取り組んでいます。また遺伝資源の保存事業では、国内での研究・教育用として要望された餌料用海産微細藻類の配布を行っています。

系統開発グループ

　主にブリを対象に、育種によって作出した優良系統の効率的な維持管理方法を確立するため、配偶子の凍結保存・復元技術の開発に取り組んでいます。また、他グループとともに、選抜交配や形質評価を行い、優良系統の開発にも取り組んでいます。

ブリ育種グループ

　日本の代表的な養殖魚であるブリを対象に、成長が速い、病気に強いなどといった優良な形質を持つ系統を作出するため、DNA（ゲノム）情報を用いた選抜育種に取り組んでいます。また、優良系統の社会実装に不可欠な種苗生産技術の高度化や技術普及等にも取り組んでいます。

ハタ類育種グループ

　亜熱帯・熱帯性のハタ類であるスジアラをモデル種として、ハタ類の育種基盤技術に関する研究開発に取り組んでいます。また、ハタ類育種の実用化に不可欠な成熟制御・種苗生産・養殖技術の研究開発にも取り組んでいます。